הנושא הכאוב ביותר בתיק גירושין הוא עניין משמורתם של הילדים: כאשר ההורים נפרדים ואינם חיים יותר תחת קורת גג אחת מי יחזיק בילדים? מומלץ ביותר להשתדל ולהגיע להסכם בעניין זה לטובת הילדים שכן ככל שיתרבו נקודות החיכוך והמחלוקות בין ההורים כך יסבלו הילדים יותר.
כאשר זוג נפרד ואין הסכמה בין ההורים מי מהם יחזיק בילדים מוגשת בד"כ תביעה לביהמ"ש לענייני משפחה או לבית הדין בה תובע אחד ההורים את המשמורת על הילדים.
ביהמ"ש או ביה"ד יחליט בעניין זה עפ"י חוק הכשרות המשפטית והאפוטרופסות. עפ"י סעיף 25 לחוק זה כאשר אין הסכם בין ההורים תקבע המשמורת עפ"י טובת הילד. בנוסף קובע החוק כי ילדים עד גיל 6 ימסרו למשמורתה של האם "אם אין סיבות מיוחדות להורות אחרת". להוראה זו קוראים "חזקת הגיל הרך". איך נקבעת משמורת על הילדים
חשוב להדגיש: חזקת הגיל הרך אין משמעה כי בכל מקרה ילדים עד גיל שש ימסרו לאם וכבר היו מקרים בהם קבע ביהמ"ש כי ילדים צעירים יותר ימסרו לאב דווקא. המשמעות היא כי יש להוכיח נסיבות יוצאות דופן על מנת למסור ילדים קטנים לידי אביהם.
ככלל על מנת לקבוע מה היא טובת הילד ולמי למסור את משמורתו יעזר ביהמ"ש בפקידות הסעד לסדרי דין. פקידות סעד אלו הן עובדות סוציאליות העובדות במחלקות הרווחה של הרשויות המקומיות. בד"כ תבדק המשפחה ע"י פקידת סעד מהרשות המקומית בה מתגוררת המשפחה.
פקידת הסעד תיפגש עם ההורים ועל הילדים ותבחן גם את ההורים והילדים במפגש מתשותף על מנת לבדוק את אופי הקשר של כל אחד מההורים עם ילדיהם. לעיתים יערך גם ביקור בבית המשפחה. לאחר תום הבדיקה תכתוב פקידת הסעד דו"ח הנקרא "תסקיר פקידת סעד" אשר יוגש לביהמ"ש.
לפעמים לא ניתן להסתפק בתסקיר פקידת סעד ואז יורה ביהמ"ש על עריכת "בדיקת מסוגלות הורית". בדיקה כזו נערכת ע"י פסיכולוג מומחה לילדים או ע"י מכוני בדיקה העוסקים בנושא זה. בניגוד לבדיקה ע"י פקידות הסעד בדיקה זו כרוכה בעלויות אשר משולמות ע"י ההורים.
ביהמ"ש בד"כ מאמץ את המלצת המומחים – פקידות הסעד או הפסיכולוגים – אך לא תמיד. בנוסף אם אחד הצדדים אינו מרוצה מההמלצה הוא יכול לבקש לחקור את עורך הדו"ח ורק לאחר החקריה ינתן פסק דין.
בשנים האחרונות נערך מחקר שבדק אפשרות של שיתוף הילדים בהכרעות בשאלת משמורתם. הילדים נפגשים עם עובדים סוציאלים מיחידת הסיוע שליד ביהמ"ש אשר בודקים את רצונם וצרכיהם. מהמחקר עלה כי רובם הגדול של הילדים אינם רוצים לקבוע את משמורתם ומעדיפים כי המבוגרים יעשו זאת עבורם. יחד עם זאת נמצא במחקר כי הילדים רוצים שמצוקותיהם ישמעו וילקחו בחשבון.
עובדה שחשוב מאוד לזכור בענין משמורת היא כי פסק הדין תמיד ניתן לשינוי אם השתנו נסיבות מהותיות. למשל אם ניתן פסק דין כי הילדים יהיו עם האם כאשר האב גר ברחוב הסמוך ולאחר שנתיים האם החליטה לעקור לאזור אחר בארץ יוכל האב להגיש תביעת משמורת מחודשת ויתכן כי משמורתם של הילדים תשונה.